Татар энциклопедиясе һәм төбәкне өйрәнү институты 1994 елның 3 маенда Татарстан Республикасы Фәннәр академиясе каршындагы фәнни-тикшеренү һәм нәшрият учреждениесе буларак оештырыла. 1994 елның 3 маенда, Татарстан Республикасы Министрлар Кабинеты тарафыннан «Күп томлык Татар энциклопедиясен әзерләү һәм бастыру буенча өстәмә чаралар турында» — Татарстан Республикасы Фәннәр академиясенең Татар энциклопедиясе бүлеген Татарстан Республикасы Фәннәр академиясенең Татар энциклопедиясе институты итеп үзгәртү хакында карар кабул ителгән.
Институт үзенең тарихын 1990 елның гыйнварында ТАССР Министрлар Советының 1989 елның 6 сентябрендәге «Татар Совет энциклопедиясен әзерләү һәм бастыру турында» карары нигезендә СССР Фәннәр академиясенең Тел, әдәбият һәм тарих институты составында оештырылган Татар Совет Энциклопедиясе бүлегеннән алып бара.
ТР Фәннәр академиясенең беренче президенты М.Х. Хәсәновның 1992 елның 25 маендагы боерыгы белән Татар Совет Энциклопедиясе бүлеге Татар энциклопедиясе бүлеге буларак ТР Фәннәр академиясе составына тапшырыла. Татарстан Республикасы Министрлар Кабинетының 1994 елның 3 маендагы «күп томлы Татар энциклопедиясен әзерләү һәм бастыру буенча өстәмә чаралар турында» гы карары нигезендә Татар энциклопедиясе бүлеге Татарстан Республикасы Фәннәр академиясенең Татар энциклопедиясе институты итеп үзгәртелә. 2014 елдан ТР Фәннәр Академиясенең Татар энциклопедиясе һәм төбәкне өйрәнү институты.
Институтның төп бурычлары-Татарстан Республикасының һәм татар халкының социомәдәни һәм тарихи-фәнни мирасын өйрәнү буенча фундаменталь һәм гамәли фәнни тикшеренүләр үткәрү, шулай ук мәгълүматны ачыклауга, системалаштыруга, саклауга һәм аны дөнья мәдәни-мәгариф киңлегенә инновацион кертүгә ярдәм итүче энциклопедик һәм монографик пландагы фәнни-тикшеренү һәм фәнни-тикшеренү продукциясен эшләү һәм бастырып чыгару.
Институт директорлары: М.Х Хәсәнов (1994-2010 еллар), Р.М Вәлиев (2010-2015 еллар), И. А. Гыйләҗев (2015 елдан).
